蛋白分析FAQ彙總

• • Label-free定量技術的優劣是什麼？

  Label free的優勢在於不需要標籤標記，操作簡便，價格便宜，且不受樣本數量限制。但缺點也隨之而來，那就是Label free的定量準確性不如標記定量好，對質譜儀器的效能要求和實驗操作的穩定性和重複性較高。相關服務:基於LABEL FREE的定量蛋白組分析

• • Label-free為什麼不受樣本數量限制？

  主要是因為Lable free不使用同位素標籤標記樣品，樣本內不含同位素標籤，樣本內的蛋白被酶解後依次進行色譜分離和質譜鑑定，根據質譜下機資料如肽段離子峰進行定量。因此Lable free不受樣本型別和數量限制。相關服務:基於LABEL FREE的定量蛋白組分析

• • 為什麼Label-free定量的準確性較低？

  因為Label-free非標定量根據一級質譜資料進行定量，由於樣本過於複雜，肽段產生的相近的m/z太多，無法有效進行區分，所以導致離子峰面積提取異常和定量不準。相關服務:基於LABEL FREE的定量蛋白組分析

• • HPLC分級的作用是什麼？

  HPLC分級可以降低樣本中蛋白的複雜程度而提高每個組分中某種蛋白的丰度，有利於後續的質譜分析。相關服務:蛋白質純度分析（分子篩/反相色譜）

• • HPLC是否組分越多越好？

  並不是，組分越多即分級越多時，會降低組分中蛋白的丰度，不利於質譜鑑定，而分級數太少又達不到降低蛋白複雜程度的要求。相關服務:蛋白質純度分析（分子篩/反相色譜）

• • SWATH技術的原理是什麼？

  SWATH作為一種DIA技術，將整個質譜掃描質量範圍分為若干小視窗，依次對每個視窗的所有離子進行碎裂，使其能夠對掃描區間內的所有肽段離子進行高速一級MS掃描再進行二級MS/MS分析，以獲得掃描範圍內全部離子的所有碎片資訊，然後基於提取Transition峰面積計算出肽段含量，透過肽段含量推理

• • SWATH技術有什麼優勢？

  1、SWATH定量對樣品中的所有分子無差別地進行分析，並一次性將所有肽段的MS、MS/MS資料進行儲存，以保證不遺漏任何可能重要的資料，極大的提高了定量分析的可信度，並能夠高效測定複雜樣品中丰度極低的蛋白分子；2、SWATH無偏差分析所有分子，不需要提前對檢測方法進行最佳化，只需要在已獲得檢

• • SWATH定量技術有缺點嗎？

  SWATH技術定量準確、重複性好且動態範圍廣，只是其通量不如iTRAQ高，但是仍然能鑑定2500-3000個左右的蛋白。相關服務:SWATH定量蛋白組學服務

• • 做一次SWATH實驗能鑑定出多少蛋白？

  SWATH技術可鑑定的蛋白數量大概在2500-3000之間，與樣品的蛋白質丰度、複雜度等也相關。最近有學者利用DIA/SWATH技術在Hela細胞中定量鑑定到了4000個蛋白，說明隨著技術的發展，SWATH技術的通量也在提高。相關服務:SWATH定量蛋白組學服務

• • SWATH定量技術對樣品有什麼要求？

  對蛋白樣品的型別和來源沒有特殊要求，如果樣品物種已經有可參考的基因組、轉錄組或者蛋白資料庫最好，樣本量至少保證在10ug以上。相關服務:SWATH定量蛋白組學服務