蛋白分析FAQ彙總

• • 什麼時候進行母離子對篩選的引數設定？

  在樣品進入質譜儀之前就需要設定並除錯好母離子的篩選條件。相關服務:蛋白質質譜鑑定

• • 如何設定母離子對？

  先透過譜相簿篩選到得到母子離子對，設定引數，進行質譜鑑定，若出現的譜圖顯示捕捉到目的肽段，那就可以適用，若不行，重新設定，這樣不斷的反覆驗證篩選獲得最適的母子離子對相關服務:蛋白質質譜鑑定

• • MRM定量有哪些優勢？

  通量高（能實現大規模樣本的定量分析）、特異性強（無非特異性交叉反應）、定向性好（可去除背景噪音定向研究目的蛋白）。相關服務:MRM/PRM定量蛋白組學分析

• • 雙向凝膠電泳聯合質譜鑑定蛋白質的大致步驟有哪些？

  1、首先電泳譜圖進行掃描找到差異點；2、然後將靶點進行脫色、酶解、色譜分離、質譜檢測，得到質譜原始資料檔案，3、最後透過資料庫搜尋可以得到差異點中的蛋白質的詳細資訊。相關服務:蛋白膠點、膠條、IP樣品蛋白質鑑定

• • 磷酸化蛋白質組富集策略有哪些？

  抗體沉澱法、親和富集法、色譜分離富集法（IMAC富集法、金屬氧化物和金屬氫氧化物富集方法、陰陽離子交換富集法以及親水性相互作用色譜法）等。相關服務:磷酸化定量蛋白組學研究

• • 如何選擇磷酸化蛋白質組富集策略？

  磷酸化的位點主要有絲氨酸、蘇氨酸、酪氨酸，如果實驗目的只關注酪氨酸磷酸化的變化時，建議選擇酪氨酸磷酸化抗體進行富集，如果實驗關注的是非酪氨酸，或者是所有可以發生磷酸化的氨基酸，建議選擇IMAC或TiO2富集。相關服務:磷酸化定量蛋白組學研究

• • DDA和DIA資料採集方式的不同點是什麼？

  DDA(Data Dependent Acquisition)資料依賴採集模式只採集一級質譜中強度最高的6個肽段離子峰進行耳機質譜碎裂和檢測，導致一些丰度較低的肽段例子沒有被採集到；DIA(Data Independent Acquisition)資料非依賴採集模式會採集所設定的最低強度值以

• • 哪些蛋白樣品可以進行測序？

  所有型別的蛋白樣品都可以進行測序，基於質譜的從頭測序方法不依賴於可能引入偏差或錯誤氨基酸的現有資料庫 。相關服務:蛋白測序

• • 影響SWATH採集資料好壞的關鍵因素有哪些？

  SWATH是一種基於非資料依賴型的質譜定量技術，需要對質譜掃描質量範圍內的所有視窗進行碎裂和資料掃描採集分析，因此其對掃描速度和質譜儀的解析度要求較高。相關服務:SWATH定量蛋白組學服務

• • 進行SWATH數據處理時如何建立離子資料庫？

  1、利用資訊依賴採集法(IDA)透過採集樣品資料建立離子資料庫，經ProteinPilotTM軟體或其它的搜素引擎鑑定到的蛋白即為SWATH數據處理時的離子資料庫；2、藉助生物資訊學方法對來自於外部資料庫的二級質譜資料進行靶向蛋白分析，同時建立離子資料庫。相關服務:SWATH定量蛋白組學服務