蛋白分析FAQ彙總

串聯質譜鑑定通常將質譜資料在資料庫進行檢索以獲得結果；而質譜測序需要計算質譜圖中相鄰離子峰的分子量差異來確定氨基酸序列。相關服務:蛋白質質譜鑑定

如果條帶是考馬斯染色，則使用：質譜法（透過 MS/MS 測序）鑑定蛋白質並選擇具有自動資料庫分析的 MALDI-TOF/TOF (PMF+MS/MS) 質譜。這是最快、最具成本效益的方法，也是考馬斯染色凝膠和 2D 凝膠斑點的最佳選擇。如果條帶為銀染或可能包含一種以上的蛋白質，請使用：質譜

蛋白質鑑定是透過將肽片段模式與公共資料庫中的序列相匹配來實現的。這對於人類、小鼠、水稻、擬南芥、水果等來說是理想的。如果樣品來自與已知基因組高度相似的生物體，則可以獲得良好的結果。相關服務:蛋白分析

有兩個主要關注點：覆蓋率：質譜技術能否提供高序列覆蓋率？覆蓋率越高，檢測和鑑定含有修飾基團的肽的統計機會就越大。修飾位點的佔有率：蛋白質被修飾的百分比是多少？如果它很低，那麼檢測到修飾肽的機會就會降低。如果佔有率很高（>30%），那麼這有利於鑑定修飾位點。相關服務:磷酸化定量蛋白組學研究

首先，請注意，由於其獨特的序列，每種蛋白質都有不同的潛力以高序列覆蓋率被定位。所有蛋白質的覆蓋率透過以下方式增加：a) 從更大量的蛋白質開始（需要大於 5 μg 的蛋白質）進行質譜分析；b) 確保蛋白質是純的；c) 使用多種質譜儀器/技術進行分析將增加覆蓋率；d) 使用 TiO2 柱富集磷

如果蛋白質的純度和濃度很高，那麼在大多數情況下，基於質譜的蛋白質鑑定仍然是有利的。然而，連線的碳水化合物（CHO）鏈會透過以下機制削弱基於質譜的特定肽段的鑑定：a) CHO 鏈可以阻斷胰蛋白酶切割；b) 連線的 CHO 鏈的可變質量會降低糖肽檢測；c) 可選項：在凝膠上樣和質譜分析之前，用

最低成本的初步分析是一種使用 MALDI-TOF/TOF 對凝膠中的純蛋白質或高純度樣品進行分析的方法。限制：如果蛋白質非常大、不純或產量低（小於500 ng），蛋白質的覆蓋率會很低。建議：對於初步的低成本分析，只提供高質量的樣品（凝膠上的單個條帶，在 1 μg 範圍內）。相關服務:磷酸化定

根據樣本的性質選擇離子源，小分子量的極性較小的化合物可以考慮APCI，分子量較大並帶有一定極性的化合物可以選擇ESI。相關服務:蛋白質質譜鑑定

氣質即氣相色譜-質譜聯用（GC-MS),液質即氣相色譜-質譜聯用(LC-MS),二者在分離手段、真空系統和電離方式方面都不同：氣質採用氣相色譜分離，液質液相色譜分離；氣質的真空系統比較簡單，而液質的相對複雜；氣質的電離方式主要有電子電離和化學電離，液質的電離方式主要有電噴霧電離、大氣壓化學電

1、電離方式不同：APCI利用電暈放電氣相離子化；ESI利用離子蒸發液相離子化。2、適合分析的化合物不同：APCI適合弱極性，小分子化合物，且具有一定的揮發性；ESI 極性化合物和生物大分子。3、二者流速不同：ESI一般流速較小，APCI 相對較大。4、產生的電荷數不同：APCI不能生成一系

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