蛋白與蛋白互作分析：Co-IP與Pull-down
許多細胞事件，如細胞增殖、細胞分化和細胞死亡，都是由蛋白與蛋白間相互作用控制的。細胞內蛋白質的一些動態特徵可以透過相互作用而改變。例如，底物結合和催化活性可以被改變；產生新的結合位點，改變蛋白質對底物的特異性。一些蛋白質可以失活來調節其他基因的表達。只有當蛋白與蛋白間相互作用被調節時，正常的細胞活動才能進行。免疫共沉澱（Co-IP）和下拉法（Pull-down）是用於確定穩定的蛋白與蛋白相互作用的分析方法。
免疫共沉澱（Co-IP）：免疫共沉澱在體外檢測兩種蛋白質之間特定相互作用的存在。Co-IP的原理是當細胞在非變性條件下裂解時，許多細胞內蛋白互作被保留下來。如果蛋白X由一個抗體免疫沉澱下來，與蛋白X結合的蛋白Y也可以被沉澱下來。透過研究蛋白Y，可以確定蛋白X和Y之間的相互作用。
優點：1. 在Co-IP分析中，誘餌蛋白和獵物蛋白是天然構象的；2. 誘餌蛋白與獵物蛋白間的相互作用發生在體內，受外界影響較小；3. 不需要克隆和異源表達，如果有抗體，該分析很快。
缺點：1. 低親和力或蛋白質間短暫的互作可能不會被檢測到；2. 由於不能排除其他蛋白參與的可能，因此Co-IP的結果不能確定相互作用是直接的還是間接的；3. 該方法非通用，需要有特定的抗體。
Pull-down：Pull-down試驗是一種體外親和純化方法，使用誘餌蛋白來富集與誘餌蛋白互作的蛋白質。Pull-down試驗的基本原理是使用與標籤(如GST標籤、His標籤和生物素標籤)融合的蛋白質固定在親和樹脂上作為誘餌蛋白質。當目標蛋白或細胞裂解液流過時，能夠與誘餌蛋白結合的獵物蛋白可以被捕獲並被拉下。洗脫後，使用蛋白質印跡或質譜分析，可以證實預測的相互作用或發現以前未知的相互作用。
優點：1. 能純化低丰度蛋白質複合物；2. 常用於體外轉錄或翻譯系統。
缺點：1. 蛋白質標籤的存在可能會影響與內源性複合物的競爭結果；2. 並不能真正反映蛋白質之間的相互作用，因為它們不一定會在體內相遇，所以這並不意味著它們在生理上是結合的。
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